Чл. 15.Управителният съвет:
- избира измежду членовете си председател и заместник-председател;
- (изм. - ДВ, бр. 88 от 2005 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2025 г.) изработва и предлага на министъра на транспорта и съобщенията за утвърждаване правилник за устройството и дейността на компанията;
- (доп. - ДВ, бр. 47 от 2002 г., изм. - ДВ, бр. 92 от 2006 г., в сила от 14.11.2006 г., изм. - ДВ, бр. 22 от 2009 г.) по предложение на генералния директор след проведен конкурс назначава и освобождава заместник-генералните директори и главния ревизор по безопасността;
- приема годишния счетоводен отчет;
- (изм. - ДВ, бр. 88 от 2005 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2025 г.) предлага на министъра на транспорта и съобщенията да разрешава за всеки отделен случай участието на компанията в търговски и неперсонифицирани дружества и в международни организации;
- (изм. - ДВ, бр. 88 от 2005 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2025 г.) предлага на министъра на транспорта и съобщенията да предприеме действия по реда начл. 6 от Закона за държавната собственост;
- упражнява правата по притежаваните от компанията дялове и акции от търговски дружества;
- (изм. - ДВ, бр. 87 от 2010 г.) взема решения за продажба или за ликвидация на дълготрайни материални активи, за учредяване на вещни права и за отдаване под наем на движими или недвижими вещи, взема решения почл. 46, ал. 2 от Закона за държавната собственостза продажба на жилищата, управлявани от компанията, и за отдаването им под наем;
- (нова - ДВ, бр. 92 от 2006 г., в сила от 14.11.2006 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2025 г.) приема проект на годишна програма за изграждане, поддържане, ремонт и експлоатация на железопътната инфраструктура и я предлага на министъра на транспорта и съобщенията за утвърждаване;
- (нова - ДВ, бр. 92 от 2006 г., в сила от 14.11.2006 г.) приема бизнес план за дейността на компанията за следващата година;
- (изм. - ДВ, бр. 88 от 2005 г., предишна т. 9 - ДВ, бр. 92 от 2006 г., в сила от 14.11.2006 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2025 г.) изпълнява други функции, възложени му от министъра на транспорта и съобщенията, свързани с управлението на железопътната инфраструктура, в съответствие с разпоредбите на действащото законодателство.