Чл. 9 ППЗДФИ

ръководи и контролира дейността на агенцията;

одобрява методически указания за извършването на инспекционната дейност и възлага извършването на контрол по качеството й;

издава заповеди за възлагане, спиране и възобновяване на финансови инспекции, както и заповеди за тяхното изменение и отмяна;

издава заповеди за оказване съдействие на контрольорите на Европейската комисия, наричана по-нататък "Комисията", при извършване на контрола и проверките на място;

утвърждава годишния план на финансовите инспекции на дейността по възлагане и изпълнение на обществени поръчки;

издава заповеди за извършването на насрещни проверки, както и заповеди за тяхното изменение и отмяна;

назначава комисията почл. 5, ал. 1;

утвърждава списъка почл. 23, ал. 3;

назначава вещи лица почл. 10, ал. 2от закона;

организира професионалната квалификация и обучение на служителите на агенцията съгласночл. 8, ал. 1, т. 6от закона;

осъществява взаимодействие и обменя информация с други държавни органи във връзка с инспекционната дейност;

представлява агенцията и организира международните й връзки.